Снижение жизнеспособности, продуктивности, ухудшение воспроизводительной функции в результате инбридинга как результат повышения гомозиготности потомства. Переход летальных генов в гомозиготное состояние приводит к появлению наследственных аномалий развития животных (отмечается 46 аномалий развития в результате И. Д. у КРС, 10 – у лошадей, 18 – у свиней, 45 – у кур).

Чем ближе степень родства при спаривании и чем дольше в поколениях проводят инбридинг, тем ярче проявления И. Д. Сильнее И. Д. выражена у признаков с полигенным наследованием и низкой наследуемостью.

Негативная реакция на инбридинг неодинакова у представителей разных видов (сильнее проявляется у птицы, свиней, в меньшей степени – у КРС, МРС). В ряде групп даже при длительном использовании инбридинга в ряде поколений И. Д. не отмечается, они используются для создания инбредных линий. Предполагается, что формируется толерантность к И. Д. вследствие особенностей проводимого отбора, благоприятствующих факторов среды, возможными мутантными изменениями.

Выраженность И. Д. также зависит от:

индивидуальных особенностей (конституции, степени гетерозиготности производителей);
пола (на самцов И. Д. влияет негативнее);
возраста (в случае спаривания особей в раннем возрасте и старости И. Д. проявляется сильнее)
числа инбридированных поколений;
факторов среды (оптимальные условия содержания и кормления способствуют ослаблению И. Д.).
Основными факторы, влияющие на И. Д. – отбор, мутации и дрейф генов.

Несмотря на возможность И. Д., инбридинг широко используется в выведении новых пород или для закрепления в породе ценных качеств выдающихся родоначальников. И. Д. в долгосрочной перспективе может приносить пользу вследствие вымывания из популяции вредоносных генов.

Для снижения И. Д. используют совокупность приемов как в отношении исходных родительских пар, так и потомства:

строгий отбор племенных животных и создание для них оптимальных условий кормления и содержания;
использование гетерозиготных производителей;
введение в селекционные мероприятия аутбридинга (неродственного спаривания);
“освежение крови” при использовании производителей той же породы, неродственных основному поголовью хозяйства;
циклическая селекция с делением стада делят на родственные группы (микролинии).
тщательная браковка в инбредном потомстве.