Научные споры относительно причин зарождения синдрома хронической усталости не утихают долгое время. Чаще всего в качестве провоцирующих факторов называют физические и психические нагрузки, экологическую обстановку, образ жизни человека и неправильное питание.

Отдельное внимание уделяется вирусному происхождению синдрома. Подобная теория утверждает, что он является следствием вирусов герпеса, гепатита С, гриппа, энтеровируса, ретровируса, вируса Коксаки, Эпштейна — Барра либо иного вируса, не идентифицированного современной наукой.

Исследования свидетельствуют о том, что при синдроме хронической усталости происходят нарушения иммунной системы.

Факторами патогенеза заболевания являются:
накопление молочной кислоты вследствие повышенной физической активности;
изменение фенотипа иммунокомпетентных клеток — повышение уровня антивирусных антител, эндорфина и интерферона, уменьшение численных и качественных показателей естественных киллеров, т. е. лейкоцитов, которые защищают наши клетки от воздействия вирусов;
недостаточное снабжение тканей кислородом;
нарушение клеточного метаболизма;
снижение числа митохондрий, которые синтезируют вещество, участвующее в обмене энергии в клетках и в оргинизме в целом;
кишечный дисбактериоз.
Исследования Колумбийского университета показали, что у 90% пациентов с синдромом хронической усталости наблюдается синдром раздражённого кишечника.

Специалисты Медицинского центра при Университете Гронингена в Нидерландах предполагают, что в основе синдрома лежит гормональный дисбаланс — низкая активность гормонов щитовидной железы при нормальной работе органа. В процессе анализа были изучены параметры функции щитовидной железы, метаболического воспаления, целостности стенки кишечника и питательных веществ, влияющих на функцию щитовидной железы и/или воспаление.

При диагностике хронической усталости выявляют снижение активности адренокортикотропного гормона (АКТГ) и одной либо обеих височных долей мозга, а также угнетение восходящей ретикулярной формации ствола мозга и изменение электрической активности мозга в целом.

Классификация и стадии развития синдрома хронической усталости
Синдром хронической усталости относится к неврологическим заболеваниям. Исследовательские работы в этой отрасли продолжаются.

Исходя из клинических проявлений, определение заболевания постоянно менялось, поэтому его характеризовали, как:
утомляемость и слабость (критерий Центров по контролю и профилактике заболеваний);
постнагрузочную слабость и истощение (критерий канадского консенсуса);
системное заболевание непереносимости физических нагрузок (Национальная академия медицины США).
Последняя формулировка появилась в качестве альтернативной на основании масштабного анализа. Она подчёркивает, что синдром хронической усталости поражает весь организм и усиливается при физической или когнитивной нагрузке, а также под действием других стрессоров.

Чётко выделить этапы развития синдрома хронической усталости также проблематично, как его диагностировать. Некоторые специалисты на основе опроса пациентов приходят к выводу, что синдром можно классифицировать по его первопричинным проявлениям:
хроническая усталость нервного характера— сначала возникают лёгкие нервные расстройства, которые подавляют физическую активность, функцию сна и постепенно приводят к мышечной и головной боли;
хроническая усталость, связанная с длительной физической нагрузкой— сначала пациент ощущает общую слабость и понижение тонуса организма;
смешанный тип синдрома— симптомы возникают и развиваются параллельно.