При синдроме хронической усталости в первую очередь страдает нервная система и общий мышечный тонус организма. Это связано с возникновением невроза регуляторных центров и дефицитом белков, способствующих активности мышечных волокон. Из-за накопленной молочной кислоты в мышцах появляется слабость и болевой синдром.

В обществе существует мнение, что синдром хронической усталости — надуманная болезнь, а её симптомы — это проявления обычной утомляемости или ощущения, которые преувеличены пациентом. Однако многие клинические программы подтверждают, что у 30% испытуемых действительно выявлены серьёзные нарушения в психоэмоциональном и физическом состоянии.Поэтому синонимом синдрома стал термин «миалгический энцефаломиелит», что означает воспалительный процесс в головном мозге, который проявляется в том числе и болью в мышцах.

При диагностике синдрома хронической усталости выявляют присутствие как физических, так и психоэмоциональных симптомов. В некоторых случаях появление мрачных мыслей и отказ от привычных действий, которые приносят радость, служат первым звеном в цепочке причинно-следственных нарушений работы организма в целом.